Организация деятельности, связанной с оборотом наркотических и психотропных веществ, предполагает следующие основные шаги:

1. Получение лицензии.  Для оборота наркотических и психотропных веществ на легальном основании медицинская организация должна получить соответствующую лицензию. 
2. Соблюдение лицензионных требований. Организация должна соответствовать всем установленным требованиям в отношении ресурсов, необходимых для работы с наркотическими и психотропными веществами: помещений, штатных специалистов, документации и пр.. 
3. Допуск сотрудников к работе. Сотрудники должны иметь допуск к работе с наркотическими и психотропными веществами, оформленный приказом руководителя. В трудовой договор и должностную инструкцию работника должны быть внесены дополнительные сведения в части прав и обязанностей в отношении работы с наркотическими и психотропными веществами. 
4. Соблюдение условий хранения и уничтожения наркотических и психотропных веществ. Должны быть предусмотрены условия для обеспечения учёта и сохранности наркотических и психотропных лекарственных препаратов. 
5. Соблюдение правил учёта наркотических и психотропных веществ. Необходимо вести журнал регистрации операций, связанных с оборотом наркотических средств и психотропных веществ. 
6. Соблюдение требований об отчётности. В необходимых случаях нужно соблюдать требования об отчётности. 
7. Соблюдение правил отпуска физическим лицам лекарственных препаратов. Право отпуска физическим лицам наркотических и психотропных лекарственных препаратов предоставлено отдельным должностям фармацевтических и медицинских работников. 

Для оптимизации внутренних процессов в медицинской организации должны быть оформлены приказы и локальные акты по вопросам работы с наркотическими и психотропными веществами, например: приказ руководителя об утверждении списка лиц, имеющих допуск к работе, приказ руководителя о назначении лица, ответственного за хранение наркотических и психотропных веществ, внутренний регламент работы с ними и другие.